引起感染的病毒种类不同

虽然引起疱疹性咽峡炎和手足口病的病毒虽然都是肠道病毒，这些病毒的种类有很多相似的，但是可以引起疱疹性咽峡炎的病毒并不一定都能导致手足口病，同理引起手足口病的病毒也不一定都能导致疱疹性咽峡炎。