凝胶层析是基于试样分子的尺寸和形状不同来实现分离的。
固定相为化学惰性的多孔物质——凝胶,它类似于分子筛,但孔径比分子筛大。
凝胶内具有一定大小的孔穴,体积大的分子不能渗透到孔穴中去而被排阻,较早地被洗脱出来;中等体积的分子部分渗透;小分子可完全渗透入内,最后被洗出。
可见,样品分子基本上按其分子大小,排阻先后流出。
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